В рамках базового (общего) казначейского сопровождения контрольные процедуры распространяются на бюджетные средства, предоставленные заинтересованным лицам (поставщику продукции – головному исполнителю – юридическим лицам, индивидуальным предпринимателям, крестьянским (фермерским) хозяйствам и др.) на лицевые счета, открытые им в органах ФК – администратора данного инструмента. Происходит перечисление из бюджета денежных средств в форме субсидий и авансов под конкретные потребности и именно в тот момент, когда они необходимы для оплаты денежного обязательства. Неиспользованные денежные средства остаются в бюджете на ЕКС и участвуют в процедурах по управлению ликвидностью данного счета, обеспечивая получение дополнительных доходов ФБ.
Выделяют казначейское сопровождение «гражданских» целевых средств и казначейское сопровождение при использовании денежных средств в рамках реализации государственного оборонного заказа на основании Федерального закона «О государственном оборонном заказе». ФК отслеживает деньги, которые выделены на исполнение контрактов по оборонному заказу. Сопровождению подлежат все платежи в рублях при расчетах по госконтрактам, которые заключены головными исполнителями с исполнителями или между исполнителями.
Исключение предусмотрено для госконтрактов, которые заключает Министерство обороны, и для контрактов, заключенных госзаказчиками при наличии банковского сопровождения или для обеспечения:
органов внешней разведки – инструментами разведывательной деятельности;
ФСБ – инструментами контрразведывательной деятельности;
«Росатома» – товарами, работами, услугами,
связанными с ядерными боеприпасами и зарядами.